Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι ανεξάρτητα από το πότε εγγράφεται μια εταιρεία στο Σύστημα οι χρεώσεις θα γίνονται αναδρομικά από την 1η Απριλίου 2009 ημερομηνία αδειοδότησης του Συστήματος από τις αρμόδιες αρχές. Αυτό αποτελεί όρο της αδειοδότησης της ΑΦΗΣ και ισχύει τόσο γιατί η υποχρέωση κάθε εταιρείας προϋπήρχε της εγγραφής της όσο και για σκοπούς ισομερούς αντιμετώπισης των μελών του Συστήματος.
Τα τέλη που χρεώνει το Σύστημα φαίνονται στον πιο κάτω πίνακα.
